Q: У меня следующая проблема: При смене панели по CTRL+D (например, правой) левая панель меняется. Иногда на корень текущего (для левой панели) диска. Иногда на произвольный каталог. A: При добавлении избранных каталогов можно включать опцию "Сохранить также каталог назначения" - в этом случае будут сохранены каталоги на обеих панелях. Видимо, у тебя произошло именно это. Зайди в диалог настроек избранных каталогов и у нужных пунктов сотри путь в поле "Целевой каталог".
